QCM.Rmd

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title: "QCM Modules 4 et 5"
author: "Olivier Rué - Valentin Loux"
subtitle: "DUBii 2021"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
output:
    html_document:
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      number_sections: false
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      includes:
        after_body: resources/footer.html
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(eval=FALSE, echo =TRUE, cache = FALSE, message = FALSE, warning = FALSE, cache.lazy = FALSE,
                      fig.height = 3.5, fig.width = 10.5)
```

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#### Galaxy (sur une instance publique) permet :

- [x] de lancer des outils bioinformatiques sans connaissance préalable de la ligne de commande
- [ ] d'installer ses propres outils soi-même


#### Github est conseillé pour y déposer : 


- [x] son code
- [ ] ses données de séquençage


#### Quels outils sont dédiés au mapping de données RNAseq sur une référence ?


- [x] Hisat2
- [x] STAR
- [ ] HTSeqCount
- [ ] Trinity


#### Le séquençage illumina en paired-end permet :


- [x] de connaître la séquence des extrémités des fragments d'ADN de ma banque
- [ ] de connaître la séquence entière des fragments de ma banque


#### La qualité d'une base d'une base dans un fichier FASTQ :


- [x] est codée sur un seul caractère
- [ ] est toujours codée sur la même plage de caractères ASCII






#### Dans un fichier SAM, le FLAG permet de savoir :


- [ ] la qualité de mapping du read
- [x] si le read est mappé
- [x] si le read a sa paire mappée également
- [x] si le read provient du fichier FASTQ contenant les R1


#### Le format FASTQ comprend 2 lignes par read 


- [ ] VRAI
- [x] FAUX


#### Tous les outils bioinformatiques sont multithreadés


- [ ] VRAI
- [x] FAUX


#### En RNAseq, il est généralement préférable d'avoir des réplicats qu'une grande profondeur de séquençage ?


- [x] VRAI
- [ ] FAUX


#### À quoi sert le séquençage orienté ("stranded") ?


- [x] à différencier le brin d'origine des transcrits
- [ ] à améliorer la qualité de séquençage des ARN
- [ ] à diminuer le nombre d'étapes lors de la préparation de la banque de séquençage
- [ ] à doubler la profondeur de séquençage


#### Quelles sont les techniques couramment utilisées pour acquérir des données en métabolomique?


- [x] résonance magnétique nucléaire
- [x] spectrométrie de masse
- [ ] résonance plasmonique de surface
- [ ] microcalorimétrie


#### Avec quelle technologie de séquençage est il possible de faire du séquençage d'ARN direct ?


- [ ] Ion Torrent
- [ ] Illumina
- [ ] Pacific Biosciences
- [x] Oxford nanopore


#### J’ai généré 2 000 000 de paires de lectures de 150 ncucléotides.  La taille estimée de mon génome est 5 Mb. Quelle est ma profondeur  de séquençage  ?


- [ ] 1200
- [x] 120
- [ ] 60
- [ ] 6


#### Quel est le débit maximal d'un séquenceur Illumina actuel  ?


- [x] 6 Tb
- [ ] 6 Gb
- [ ] 600 Gb
- [ ] 6 Pb


#### Sachant que Q est le score de Qualité et P la probabilité d'avoir une erreur à une position donnée, comment se calcule la qualité ?


- [ ] Q = 1/log(P)
- [x] Q = -10 log10 P
- [ ] Q = 1/(P*1000)
- [ ] Q = 10-P